Tutor 1
Álvarez Díaz, Diego Alejandro
Tutor 2
Usme Ciro, José Aldemar
Tutor 3
Zapata Lesmes, Angela Cristina
Resumen
Introducción. El virus Zika (ZIKV) es responsable de signos neurológicos severos como el síndrome de Guillain Barre (GBS) en adultos y malformaciones congénitas como la microcefalia en niños recién nacidos. La transición del ZIKV desde el continente africano hasta las Américas promovió su evolución molecular reflejada en sustituciones de nucleótidos y aminoácidos. Las regiones no traducidas (5´ Y 3´UTR) del genoma del ZIKV intervienen en la traducción de proteínas virales, estabilidad genómica y replicación viral. Sin embargo, la mayoría de los genomas completos depositados en el GenBank, tienen incompletas las secuencias 5’/3’ UTR, reflejando la deficiencia de las tecnologías de secuenciación de genomas completos para resolver dichos extremos. Por lo tanto, en este estudio se implementó una metodología para determinar las secuencias completas de dichos extremos del genoma del ZIKV en un aislado colombiano previamente reportado (GenBank: MH544701). Metodología. Se diseñaron oligonucleótidos para amplificar las regiones UTR siguiendo las recomendaciones del estuche 5’/3’ RACE, con una modificación del protocolo para el extremo 3’UTR que incluyó la poliadenilación directa del RNA viral. Resultados. Los amplicones se secuenciaron mediante el método de Sanger y las estructuras secundarias se analizaron usando el software RNAstructure. Se resolvieron las secuencias completas de los extremos 5’/3’ UTR del aislado del ZIKV, permitiendo la reconstrucción y análisis de sus estructuras secundarias. Conclusiones. Se diseñó una estrategia eficiente para la determinación de las secuencias 5’/3’ UTR del ZIKV, útil para el análisis de estructuras secundarias de dichos extremos y la caracterización completa del genoma viral.
Resumen en lengua extranjera 1
Introduction. Zika virus (ZIKV) is responsible for severe neurological signs such as Guillain Barre syndrome (GBS) in adults and congenital malformations such as microcephaly in newborn children. The transition of ZIKV from the African continent to the Americas promoted its molecular evolution reflected in nucleotide and amino acid substitutions. The untranslated regions (5’ and 3’ UTR) of the ZIKV genome are involved in viral protein translation, genomic stability, and viral replication. However, many of the complete genomes deposited at GenBank reported incomplete 5’/3’ UTR sequences, reflecting the deficiency of complete genome sequencing technologies to resolve such extremes. Therefore, in this study a methodology will be implemented to determine the complete sequences of said ends of the ZIKV genome in a previously reported Colombian isolate (GenBank: MH544701). Methodology. Oligonucleotides were designed to amplify the UTR regions following the recommendations of the 5’/3’ RACE kit, with a modification of the protocol for the 3’UTR end that included direct polyadenylation of viral RNA. Results. The amplicons are sequenced using the Sanger method and the secondary structures are analyzed using the RNAstructure software. Complete sequences of the 5’/3’ UTR ends of the ZIKV isolate were resolved, allowing the reconstruction and analysis of secondary structures. Conclusions. An efficient strategy was designed for the determination of the 5’/3’ UTR sequences of ZIKV, useful for the analysis of secondary structures at these ends and the complete characterization of the viral genome.
Palabras clave
Virus Zika, Extremos UTR, Estructuras secundarias, Secuenciación
Tipo de documento
Trabajo de grado - Pregrado
Licencia Creative Commons
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-Noncommercial-No Derivative Works 4.0 License.
Fecha de elaboración
2020
Programa académico
Biología
Facultad
Escuela de Ciencias Básicas y Aplicadas
Citación recomendada
Castiblanco Martínez, H. D. (2020). Amplificación y secuenciación de los extremos 5' y 3' UTR de un aislado colombiano de virus Zika. Retrieved from https://ciencia.lasalle.edu.co/biologia/93
Publisher
Universidad de La Salle. Escuela de Ciencias Básicas y Aplicadas. Biología