Title
Diversidade molecular de candidatos para vacina em Leptospira spp.
Titulo
Diversidade molecular de candidatos para vacina em Leptospira spp.
Resumen
El objetivo de este estudo foi determinar a diversidade molecular das proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA e LigB e dos genes que as codificam mediante análises bioinformáticas em diferentes cepas patógenas de Leptospira spp. A partir da informação disponível nas bases de dados. Utilizaram-se as sequências de aminoácidos das proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA e LigB, assim como as dos genes que as codificam nas cepas de Leptospira spp. Reportadas em The National Center for Biotechnology Information (NCBI). As análises das proteínas e dos genes se realizaram mediante os recursos Protein, Nucleotide e Gene do NCBI. O alinhamento das sequências consenso se realizou com as ferramentas PSI-BLAST e BLASTn. A porcentagem de cobertura das sequências selecionadas dos genes ompL1, lipL32, lipL41, ligA e ligB em cepas patógenas de Leptospira spp. É de 100 % para ompL1, lipL32 e lipL41, 75 % para ligA e 99 % para ligB com porcentagens de identidade de 85, 98, 88, 90 e 80 % respectivamente A porcentagem de cobertura das sequências selecionadas das proteínas é de 10 77, 99, 100 e 100 % com porcentagens de identidade de 9 99, 92, 63 e 60 % respectivamente, o que indica que os genes e as proteínas, exceto as proteínas LigA e LigB, são altamente conservadas nos diferentes serovares patogênicos de Leptospira spp. Segundo esses resultados, se recomenda realizar análises complementares destas proteínas com finalidade de determinar se é viável o seu uso como candidatos para vacina.
Palabras clave
diversidad, OmpL1, LipL32, LipL41, LigA, LigB
Abstract
The aim of this study was to determine the molecular diversity of OmpL1, LipL32, LipL41, LigA and LigB proteins and that of the genes that encode them using bioinformatic analysis in different pathogenic strains of Leptospira spp. based on the information available in databases. The amino acid sequences of OmpL1, LipL32, LipL41, LigA and LigB proteins were used, as well as the genes encoding them in strains of Leptospira spp. reported at The National Center for Biotechnology Information (NCBI). The analysis of proteins and genes were performed using the Protein, Nucleotide and Gene resources from the NCBI. The alignment of the consensus sequences was performed using the PSI-BLAST and BLASTn tools. The coverage percentage of the selected sequences of the ompL1, lipL32, lipL41, ligA and ligB genes in pathogenic strains of Leptospira spp. is 100% for ompL1, lipL32 and lipL41, 75% for ligA and 99% for ligB with identity percentages of 85, 98, 88, 90 and 80% respectively the coverage percentage of the selected protein sequences is 10 77, 99, 100 and 100% with identity percentages of 9 99, 92, 63 and 60% respectively, indicating that genes and proteins, except LigA and LigB proteins, are highly conserved in various pathogenic serovars of Leptospira spp. According to these results, it is recommended that further analysis of these proteins be made in order to determine the feasibility of its use as vaccine candidates.
Keywords
diversity, OmpL1, LipL32, LipL41, LigA, LigB
Resumo
El objetivo de este estudio fue determinar la diversidad molecular de las proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA y LigB y de los genes que las codifican mediante análisis bioinformáticos en diferentes cepas patógenas de Leptospira spp., a partir de la información disponible en las bases de datos. Se utilizaron las secuencias de aminoácidos de las proteínas OmpL1, LipL32, LipL41, LigA y LigB, así como las de los genes que las codifican en las cepas de Leptospira spp. registradas en The National Center for Biotechnology Information (NCBI). Los análisis de las proteínas y los genes se realizaron mediante los recursos Protein, Nucleotide y Gene del NCBI. La alineación de las secuencias consenso se realizó con las herramientas PSI-BLAST y BLASTn. El porcentaje de cobertura de las secuencias seleccionadas de los genes ompL1, lipL32, lipL41, ligA y ligB en cepas patógenas de Leptospira spp. es de 100 % para ompL1, lipL32 y lipL41, 75 % para ligA y 99 % para ligB con porcentajes de identidad de 85, 98, 88, 90 y 80 % respectivamente el porcentaje de cobertura de las secuencias seleccionadas de las proteínas es de 10 77, 99, 100 y 100 % con porcentajes de identidad de 9 99, 92, 63 y 60 % respectivamente, lo cual indica que los genes y las proteínas, excepto las proteínas LigA y LigB, son bastante conservadas en los diferentes serovares patógenos de Leptospira spp. Según dichos resultados, se recomienda realizar análisis complementarios de estas proteínas con el fin de determinar si es viable su uso como candidatos vacunales.
Palavras clave
diversidade, OmpL1, LipL32, LipL41, LigA, LigB
Digital Object Identifier (DOI)
https://doi.org/10.19052/mv.3613
Fecha de recepción
16 de marzo de 2015
Fecha de aceptación
17 de abril de 2015
Fecha de publicación
January 2015
Licencia Creative Commons
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Tipo de documento
Artículo de investigación
Editorial
Universidad de La Salle. Ediciones Unisalle
Citación recomendada
Hernández-Rodríguez P, Baquero P. M, Santander Torres AF y Gómez A. Diversidad molecular de candidatos vacunales en Leptospira spp.. Rev Med Vet. 2015;(30): 95-106. doi: https://doi.org/10.19052/mv.3613
